Kota Baubau adalah sebuah kota di Provinsi Sulawesi Tenggara, Indonesia. Kota ini terletak di Pulau Buton, pulau terbesar di provinsi tersebut. Baubau memperoleh status kota pada tanggal 21 Juni 2001 berdasarkan UU No. 13 Tahun 2001. Luas kota ini 295,072 km² dengan jumlah penduduk 167.519 jiwa (2018).